Mitsunao sinh năm 1619, ông là con trai cả của Hosokawa Tadatoshi một lãnh chúa. Vào năm 1637, ông gia nhập đội quân của cha ông trong các chiến dịch bình định các cuộc nổi loạn Shimabara, và ông đã chiến đấu dũng cảm lập nhiều công lao. Sau thành công của cha mình trong năm 1641, ông được kế thừa chức vụ của cha và trở thành đại danh của miền Kumamoto.

Mitsunao sau đó tham gia đàn áp các cuộc nổi dậy của gia đình Abe vào năm 1642 và nổi danh từ đó, và việc này được hư cấu hóa trong các tác phẩm của nhà văn Mori Ōgai.